| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
|
Data corrente: |
13/07/2018 |
|
Data da última atualização: |
13/07/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; SILVA, V. H. da; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L. |
|
Afiliação: |
GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; THAÍS FERNANDA GODOY, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ; JAMES M. REECY, Iowa State University; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; DORIAN GARRICK, Massey University/New Zealand; VINICIUS H. da SILVA, Wageningen University/Swedish University of Agricultural Sciences; RICHAR P. CROOIJAMANS, Wageningen University; MARTIEN A. M. GROENEN, Wageningen University; LUIZ LEHMMAN COUTINHO, ESALQ. |
|
Título: |
Integration of GWAS, CNV and sele ction signature reveals candidate genes for abdominal fat regulation in chickens. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Digital Archive. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Abstract: Carcass fat content is an economically important trait in commercial chickens. The use of genome-wide high density SNPs may improve the power and resolution to identify QTLs, putative candidate genes and copy number variations (CNVs), for selection programs. The main goal of this study was to identify genomic windows and putative candidate genes for carcass fat content. We checked the overlap of QTL with regions demonstrating signatures of selection and inherited CNVs identified in the same population. A total of 497 42 day-old chickens from the EMBRAPA F2 Chicken Resource Population developed for QTL studies were genotyped with the 600K SNP genotyping array (Affymetrix®), and phenotyped for carcass fat content weight (CFCW) and carcass fat content on a dry matter basis (CFCDM). After quality control, a total of 480 samples and 371,557 SNPs annotated in autosomal chromosomes (GGA1-28) based on Gallus_gallus-5.0 (NCBI) were kept for further analysis. GWAS analyses were performed with GenSel software using BayesB method (π=0.9988) to identify genomic windows associated with CFCW or CFC%. We identified 15 genomic windows associated with CFC% on GGA1, 7, 15, 20 and 28, and from those, we identified two adjacent windows on GGA7 considered as the same QTL explaining 1.31 and 2.18% of the genetic variance for CFCW and CFC%, respectively. This QTL overlapped with one regions previsiouly know to regulate abdominal fat in chickens and the QTL region encompassed two putative candidate genes overlapping with signatures of selection and inherited CNVs. Our findings are helpful to better understand the genetic regulation of fatness in chickens. Resumo: O teor de gordura na carcaça é uma característica economicamente importante em frangos comerciais. O uso de SNPs de alta densidade em todo o genoma pode melhorar o poder e a resolução para identificar QTLs, genes candidatos putativos e variações no número de cópias (CNVs), para programas de seleção. O principal objetivo deste estudo foi identificar janelas genômicas e possíveis genes candidatos para o conteúdo de gordura na carcaça. Verificamos a sobreposição de QTL com regiões demonstrando assinaturas de seleção e CNVs herdadas identificadas na mesma população. Um total de 497 galinhas com 42 dias de idade da EMBRAPA F2 Chicken Resource Population desenvolvidas para estudos QTL foram genotipadas com o arranjo de genótipos SNP 600K (Affymetrix®) e fenotipadas para peso de gordura na carcaça (CFCW) e teor de gordura na carcaça seca. matéria básica (CFCDM). Após o controle de qualidade, um total de 480 amostras e 371.557 SNPs anotados em cromossomos autossômicos (GGA1-28) baseados em Gallus_gallus-5.0 (NCBI) foram mantidos para análise posterior. As análises de GWAS foram realizadas com o software GenSel usando o método de BayesB (π = 0,9988) para identificar janelas genômicas associadas ao CFCW ou CFC%. Foram identificadas 15 janelas genômicas associadas a% CFC em GGA1, 7, 15, 20 e 28 e, a partir delas, identificamos duas janelas adjacentes em GGA7 consideradas como os mesmos QTLs explicando 1,31 e 2,18% da variância genética para CFCW e CFC% , respectivamente. Este QTL se sobrepunha a uma das regiões previsamente conhecidas para regular a gordura abdominal em frangos e a região QTL englobava dois supostos genes candidatos que se sobrepunham com assinaturas de seleção e CNVs herdadas. Nossas descobertas são úteis para entender melhor a regulação genética da gordura em frangos. MenosAbstract: Carcass fat content is an economically important trait in commercial chickens. The use of genome-wide high density SNPs may improve the power and resolution to identify QTLs, putative candidate genes and copy number variations (CNVs), for selection programs. The main goal of this study was to identify genomic windows and putative candidate genes for carcass fat content. We checked the overlap of QTL with regions demonstrating signatures of selection and inherited CNVs identified in the same population. A total of 497 42 day-old chickens from the EMBRAPA F2 Chicken Resource Population developed for QTL studies were genotyped with the 600K SNP genotyping array (Affymetrix®), and phenotyped for carcass fat content weight (CFCW) and carcass fat content on a dry matter basis (CFCDM). After quality control, a total of 480 samples and 371,557 SNPs annotated in autosomal chromosomes (GGA1-28) based on Gallus_gallus-5.0 (NCBI) were kept for further analysis. GWAS analyses were performed with GenSel software using BayesB method (π=0.9988) to identify genomic windows associated with CFCW or CFC%. We identified 15 genomic windows associated with CFC% on GGA1, 7, 15, 20 and 28, and from those, we identified two adjacent windows on GGA7 considered as the same QTL explaining 1.31 and 2.18% of the genetic variance for CFCW and CFC%, respectively. This QTL overlapped with one regions previsiouly know to regulate abdominal fat in chickens and the QTL region encompassed two puta... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
600k snp genotyping array; Analyses were performed with GenSel; Genotyping by sequencing; Selection signatures. |
|
Thesagro: |
Carcaça; Frango de Corte; Genoma; Gordura; Melhoramento Genético Animal; Polimorfismo Genético. |
|
Thesaurus Nal: |
Abdominal fat; Animal genetic resources; Broiler chickens; Carcass characteristics; Genetic polymorphism; Single nucleotide polymorphism. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/179774/1/final8887.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 04944nam a2200421 a 4500
001 2093261
005 2018-07-13
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aMOREIRA, G. C. M.
245 $aIntegration of GWAS, CNV and sele ction signature reveals candidate genes for abdominal fat regulation in chickens.$h[electronic resource]
260 $aIn: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Digital Archive.$c2018
520 $aAbstract: Carcass fat content is an economically important trait in commercial chickens. The use of genome-wide high density SNPs may improve the power and resolution to identify QTLs, putative candidate genes and copy number variations (CNVs), for selection programs. The main goal of this study was to identify genomic windows and putative candidate genes for carcass fat content. We checked the overlap of QTL with regions demonstrating signatures of selection and inherited CNVs identified in the same population. A total of 497 42 day-old chickens from the EMBRAPA F2 Chicken Resource Population developed for QTL studies were genotyped with the 600K SNP genotyping array (Affymetrix®), and phenotyped for carcass fat content weight (CFCW) and carcass fat content on a dry matter basis (CFCDM). After quality control, a total of 480 samples and 371,557 SNPs annotated in autosomal chromosomes (GGA1-28) based on Gallus_gallus-5.0 (NCBI) were kept for further analysis. GWAS analyses were performed with GenSel software using BayesB method (π=0.9988) to identify genomic windows associated with CFCW or CFC%. We identified 15 genomic windows associated with CFC% on GGA1, 7, 15, 20 and 28, and from those, we identified two adjacent windows on GGA7 considered as the same QTL explaining 1.31 and 2.18% of the genetic variance for CFCW and CFC%, respectively. This QTL overlapped with one regions previsiouly know to regulate abdominal fat in chickens and the QTL region encompassed two putative candidate genes overlapping with signatures of selection and inherited CNVs. Our findings are helpful to better understand the genetic regulation of fatness in chickens. Resumo: O teor de gordura na carcaça é uma característica economicamente importante em frangos comerciais. O uso de SNPs de alta densidade em todo o genoma pode melhorar o poder e a resolução para identificar QTLs, genes candidatos putativos e variações no número de cópias (CNVs), para programas de seleção. O principal objetivo deste estudo foi identificar janelas genômicas e possíveis genes candidatos para o conteúdo de gordura na carcaça. Verificamos a sobreposição de QTL com regiões demonstrando assinaturas de seleção e CNVs herdadas identificadas na mesma população. Um total de 497 galinhas com 42 dias de idade da EMBRAPA F2 Chicken Resource Population desenvolvidas para estudos QTL foram genotipadas com o arranjo de genótipos SNP 600K (Affymetrix®) e fenotipadas para peso de gordura na carcaça (CFCW) e teor de gordura na carcaça seca. matéria básica (CFCDM). Após o controle de qualidade, um total de 480 amostras e 371.557 SNPs anotados em cromossomos autossômicos (GGA1-28) baseados em Gallus_gallus-5.0 (NCBI) foram mantidos para análise posterior. As análises de GWAS foram realizadas com o software GenSel usando o método de BayesB (π = 0,9988) para identificar janelas genômicas associadas ao CFCW ou CFC%. Foram identificadas 15 janelas genômicas associadas a% CFC em GGA1, 7, 15, 20 e 28 e, a partir delas, identificamos duas janelas adjacentes em GGA7 consideradas como os mesmos QTLs explicando 1,31 e 2,18% da variância genética para CFCW e CFC% , respectivamente. Este QTL se sobrepunha a uma das regiões previsamente conhecidas para regular a gordura abdominal em frangos e a região QTL englobava dois supostos genes candidatos que se sobrepunham com assinaturas de seleção e CNVs herdadas. Nossas descobertas são úteis para entender melhor a regulação genética da gordura em frangos.
650 $aAbdominal fat
650 $aAnimal genetic resources
650 $aBroiler chickens
650 $aCarcass characteristics
650 $aGenetic polymorphism
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aCarcaça
650 $aFrango de Corte
650 $aGenoma
650 $aGordura
650 $aMelhoramento Genético Animal
650 $aPolimorfismo Genético
653 $a600k snp genotyping array
653 $aAnalyses were performed with GenSel
653 $aGenotyping by sequencing
653 $aSelection signatures
700 1 $aGODOY, T. F.
700 1 $aBOSCHIERO, C.
700 1 $aCESAR, A. S. M.
700 1 $aREECY, J. M.
700 1 $aLEDUR, M. C.
700 1 $aGARRICK, D.
700 1 $aSILVA, V. H. da
700 1 $aCROOIJAMANS, R. P.
700 1 $aGROENEN, M. A. M.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 36 | |
| 2. |  | MOREIRA, G. C. M.; PÉRTILLE, F.; GODOY, T. F.; BRASSOLOTI, R.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Discovery of candidate genes for fatness in chickens based on genotyping with 600K SNP chip in a QTL region. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos? Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|    |
| 3. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Single nucleotide polymorphism associated with breast trait in chickens. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. Paper 29820. Organizers: Sébastien Praud and Kellye Eversole. PAG XXVI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 4. | | KAPPELER, B. I. G.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; MOREIRA, G. C. M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L. MiRNAs differentially expressed in skeletal muscle of animals with divergent estimated breeding values for beef tenderness. Molecular Biology, v. 20, n. 1, p. 2-11, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 5. | | GODOY, T. F.; SILVA, V. H. da; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L. Inherited CNVs in regions related to breast muscle development in a broiler population. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. Paper 29816. Organizers: Sébastien Praud and Kellye Eversole. PAG XXVI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 6. | | GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; SILVA, V. H.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Identification of CNVs on the genome of Brazilian chicken lines. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P0646.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 7. | | MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. da S.; PADUAN, M.; COUTINHO, L. L. Identification of mutations in a QTL region on chromosome 3 associated with fatness in chickens. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 38. ISAFG 2013. AB.31| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 8. | | GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. da S.; PADUAN, M.; COUTINHO, L. L. Identification of polymorphisms in a QTL region on chicken chromosome 2 associated with muscle deposition. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 39. ISAFG 2013.AB.32| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 9. | | MOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P0647.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 10. | | DEFANT, H.; MEIRA, A. N.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; MOREIRA, G. C. M.; PADUAN, M.; MARIANI, P.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; CESAR, A. S. M. Novel polymorphisms in the PLIN2 gene of Nellore cattle. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 3, 2019. Não paginado. Na publicação: Luciana CA Regitano, Adhemar Zerlotini. gmr16039963.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 11. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
|  |
| 12. | | MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; PÉRTILLE, F.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. Scientific Reports, v. 8, n. 16222, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 13. | | MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; SILVA, V. H. da; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L. Integration of GWAS, CNV and sele ction signature reveals candidate genes for abdominal fat regulation in chickens. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Digital Archive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 14. | | VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 15. | | ALMEIDA, O. A. C.; MOREIRA, G. C. M.; REZENDE, F. M.; BOSCHIERO, C.; PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; LEDUR, M. C.; NOVAIS, F. J. de; COUTINHO, L. L. Identification of selection signatures involved in performance traits in a paternal broiler line. BMC Genomics, v. 20, n. 449, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 16. | | SALVIAN, M.; MOREIRA, G. C. M.; REIS, A. P.; DAURIA, B. D.; PILONETTO, F.; GERVÁSIO, I. C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; SPANGLER, M. L.; MOURÃO, G. B. Estimation of breeding values using different densities of SNP to inform kinship in broiler chickens. Livestock Science, v. 267, n.105124, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 17. | | MARCHESI, J. A. P.; ONO, R. K.; CANTAO, M. E.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P.; LEDUR, M. C. Exploring the genetic architecture of feed efficiency traits in chickens. Scientific Reports, v. 11, n. 4622, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 18. | | MOREIRA, G. C. M.; SALVIAN, M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. BMC Genomics, v. 20, n. 669, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 19. | | ONO, R. K.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; SOLLERO, B. P.; SUREK, D.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Genome-wide association study for femur-related traits in broilers. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018. Digital Archive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 20. | | PERTILLE, F.; MOREIRA, G. C. M. M.; ZANELLA, R.; NUNES, J. de R. da S.; BOSCHIERO, C.; ROVADOSCKI, G. A.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association study for performance traits in chickens using genotype by sequencing approach. Scientific Reports, v. 7, n. 41748, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| Registros recuperados : 36 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
